Muzeum zostało założone w 1973 r. przez proboszcza tutejszej parafii ewangelicko-augsburskiej ks. Władysława Pilchowskiego. W Polsce tego typu muzea są tylko dwa – w Mikołajkach właśnie oraz w Cieszynie. Zbiory muzeum dotyczą reformacji w Polsce, w szczególności zaś na terenie Mazur. Na początku eksponowano je w kościele, później w budynku dawnego liceum, a ostatecznie w 2002 r. przeniesiono je do nowego budynku na terenie parafii.
Eksponaty w Muzeum Reformacji, jakie możemy tu podziwiać to m. in. zabytki piśmiennictwa i drukarstwa polskiego na terenie Mazur (gromadzone do zakończenia II wojny światowej), a także unikatowe druki, zdjęcia i dokumenty związane z reformacją nie tylko w Polsce, ale także w całej Europie. Zobaczyć tu również można liczne portrety reformatorów oraz polskich działaczy reformacyjnych. Jednymi z cenniejszych eksponatów w muzeum są oryginalne tablice z wojen napoleońskich oraz I wojny światowej. Zapoznać się tutaj możemy także z mało znaną historią piśmiennictwa polskiego oraz protestantyzmem w Polsce.
W muzeum istnieje możliwość oprowadzania przez przewodnika, również w języku niemieckim. W okresie wiosenno-letnim czynne jest od 9.00 do 17.00. Zwiedzanie jest teoretycznie bezpłatne, ale odwiedzający proszeni są o złożenie ofiary na potrzeby gospodarcze muzeum.